Bioinformatica e scienza dei dati
La risorsa condivisa UNMCCC Bioinformatics & Data Science (BDS) supporta la ricerca di base, traslazionale e clinica sul cancro fornendo una suite completa di servizi computazionali e analitici.
Questi servizi includono
- progettazione e sviluppo della ricerca,
- analisi dei dati di sequenziamento di nuova generazione (NGS),
- trascrittomica unicellulare e spaziale,
- chemioinformatica,
- informatica del cancro e
- metodologie avanzate di statistica e scienza dei dati.
I membri del BDS lavorano a stretto contatto con il Genomica analitica e traslazionale e la Biostatistica Risorse condivise per migliorare l'acquisizione di conoscenze da NGS e altri dati genomici e trascrittomici.
La risorsa condivisa BDS
- fornisce infrastrutture critiche per l'archiviazione dei dati, l'elaborazione ad alte prestazioni e soluzioni basate su cloud, inclusa l'integrazione AWS tramite il programma NIH STRIDES, e
- gestisce CRIIS, una piattaforma informatica unica sul cancro che integra dati clinici, genomici, di registro dei tumori e sociodemografici, sviluppata in collaborazione con un'azienda locale di analisi dei dati con il supporto dell'UNMCCC e dello Stato del New Mexico.
Risorsa condivisa di bioinformatica
Jeremy Edwards, dottore di ricerca
co-direttore
Invia un'e-mail al dott. Edwards
Dott. Chris Amos
co-direttore
Kathryn (Charlie) Brayer, dottore di ricerca
Bioinformatico, Analisi dei dati
Olufunmilola (Funmi) Oyebamiji, MS
Bioinformatico, Analisi dei dati
Inigo San Gil, PhD
Specialista in servizi IT
Xiangjun Xiao, MS
Senior Data Scientist
Per riconoscere l'uso di questa risorsa condivisa, includi quanto segue nelle tue pubblicazioni:
Questa ricerca è stata parzialmente supportata da UNM Comprehensive Cancer Center Support Grant NCI P30CA118100 e dalla risorsa condivisa Bioinformatics and High Dimensional Data Analysis.
Obiettivi specifici della bioinformatica e della scienza dei dati
Obiettivo 1: fornire supporto informatico, analitico e di gestione della conoscenza tramite servizi, tecnologie, attrezzature e competenze convenienti per supportare i tre programmi di ricerca dell'UNMCCC.
La priorità del BDS è fornire ai membri dell'UNMCCC l'accesso a competenze nell'analisi di dati complessi e ad alta dimensionalità e supportare il software, le esigenze computazionali e le conoscenze integrative necessarie per raggiungere gli obiettivi di ricerca dei tre programmi di ricerca dell'UNMCCC. Con i progressi della genomica, in particolare della genomica spaziale, il BDS prevede una crescente necessità di analisi di dati omici complessi.
Utilizzando un modello collaborativo, in coordinamento con l'ATG e le Risorse Condivise di Biostatistica, il BDS fornisce ai ricercatori uno strumento conveniente per progettare studi e analizzare dati complessi e specializzati, fornendo loro accesso a informazioni su metodi e capacità di analisi dei dati specializzati. Inoltre, il BDS gestirà l'accesso e formerà i membri dell'UNMCCC all'uso di CRIIS, fornendo consulenza sull'analisi e l'interpretazione dei dati.
Obiettivo 2: Sviluppare strumenti e pipeline bioinformatici personalizzati, adattati alle esigenze di ricerca dell'UNMCCC.
Il BDS continuerà a sviluppare strumenti strettamente allineati alle esigenze dei membri del Cancer Center, in particolare nell'ambito della biologia spaziale. Inoltre, il BDS svolgerà un ruolo fondamentale nel potenziare l'utilità del CRIIS, sviluppando una piattaforma sicura per l'analisi, l'archiviazione e la distribuzione dei dati relativi alle informazioni sanitarie identificabili dei pazienti e ai dati genomici generati dall'UNMCCC.
Obiettivo 3: Fornire istruzione e promuovere la consapevolezza sulle tecnologie e sui servizi bioinformatici.
I direttori del BDS contribuiscono a una newsletter trimestrale che evidenzia e spiega i servizi e le tecnologie del BDS e assiste gli utenti nella preparazione di proposte di sovvenzioni competitive che comportano analisi di dati complesse o ad alta dimensionalità. I direttori partecipano al Programma di Ricerca e ad altre riunioni dell'UNMCCC per fornire competenze, consulenza e informazioni sulle tecnologie e i servizi disponibili nel BDS, nonché aggiornamenti su nuovi approcci e metodologie bioinformatiche. Il direttore Edwards è fortemente coinvolto nel programma di laurea in Bioinformatica offerto dalla Facoltà di Ingegneria dell'UNM e tiene anche lezioni di bioinformatica in un corso di laurea magistrale.
Docenti e personale
Jeremy Edwards, dottore di ricerca
Co-direttore della risorsa condivisa di bioinformatica e scienza dei dati
Professore di Chimica e Biologia Chimica
Professore di Ingegneria Chimica e Biologica
Professore di Genetica Molecolare e Microbiologia
Istruzione e formazione
Formazione post-dottorato in genetica, Harvard Medical School
PhD Bioingegneria, Università della California San Diego San
MS Bioingegneria, Università della California San Diego
Laurea in Ingegneria Meccanica, Università del Texas Arlington
Interessi di ricerca
Bioinformatica, tecnologie del genoma, tecnologia di sequenziamento di nuova generazione, biologia dei sistemi, regolazione spaziale delle vie di segnalazione.
Dott. Christopher Amos
Responsabile delle iniziative di Data Science dell'HSC
Direttore associato per la scienza della popolazione e dei dati dell'UNMCCC
Co-direttore della risorsa condivisa di bioinformatica e scienza dei dati
Professore, Dipartimento di Medicina Interna UNM, Divisione di Epidemiologia, Biostatistica e Medicina Preventiva
Istruzione e formazione
Certificazione del consiglio, genetica medica
Formazione post-dottorato, programma di formazione interistituzionale in genetica medica presso i National Institutes of Health
Dottorato di ricerca in biometria e genetica, Louisiana State University Medical Center
MS, Biometria e Genetica, Louisiana State University Medical Center
Laurea triennale presso il Reed College.
Interessi di ricerca
Il dott. Amos ha dedicato gran parte della sua carriera allo sviluppo e all'implementazione di metodi per comprendere le influenze genetiche e ambientali alla base dell'eziologia dei tumori più comuni.