Deposito di tessuti umani e analisi dei tessuti

La risorsa condivisa Human Tissue Repository and Tissue Analysis (HTR-TA) è supportata e gestita congiuntamente dall'UNM Comprehensive Cancer Center e dal Dipartimento di Patologia. La risorsa condivisa HTR-TA è certificato dal College of American Pathologists (CAP).

La risorsa condivisa HTR-TA è stata creata per facilitare la ricerca traslazionale del corpo docente dell'UNM Cancer Center, del Dipartimento di Patologia, della Facoltà di Medicina e di tutti gli Istituti. Questo sito web descrive i servizi offerti e i recapiti del personale della risorsa condivisa HTR-TA, che può fornire consulenza sulla disponibilità dei campioni e su tutti gli aspetti dell'istologia e della patologia molecolare.

Missione

La risorsa condivisa Human Tissue Repository and Tissue Analysis (HTR-TA) supporta la ricerca di base e traslazionale sul cancro fornendo agli utenti tessuti tumorali e tessuti normali corrispondenti sotto forma di campioni congelati o fissati in formalina e inclusi in paraffina (FFPE).

Informazioni sulla risorsa condivisa HTR-TA

Risorsa condivisa HTR-TA:

  • Beneficia i futuri pazienti consentendo ai ricercatori di accedere a tessuti ben conservati e mantenuti che altrimenti potrebbero non essere disponibili
  • Beneficia UNM HSC rafforzando la missione di fornire cure di qualità ai pazienti attraverso la promozione di ricerche innovative e clinicamente preziose
  • La funzione di broker onesto della risorsa condivisa HTR-TA nella distribuzione di campioni de-identificati privi dei 18 identificatori personali HIPAA protegge i ricercatori da potenziali complicazioni/violazioni HIPAA

La risorsa condivisa HTR-TA fornisce diversi elementi essenziali servizi di istologia, Compreso:

  • lavorazione dei tessuti e inclusione in paraffina,
  • sezionamento,
  • colorazione H&E,
  • iimaging immunoistochimico e digitale, e
  • analisi delle sezioni colorate oltre alla conservazione e al rilascio di campioni di tessuto.

I tessuti vengono raccolti previo consenso informato. Sono conservati in un database che contiene anche informazioni correlate sul paziente (ad esempio, nome, data di nascita e categorie demografiche autoidentificate), sulla provenienza e sulla diagnosi del tessuto, nonché altre variabili, tra cui il metodo di prelievo, i tempi di ischemia e le modalità di trattamento del tessuto dopo la ricezione da parte dell'HTR-TA.

Attualmente, l'HTR-TA ospita più di 60,000 campioni biologici, di cui più di 20,000 congelati e più di 17,000 FFPE, e più di 7,000 campioni di sangue (sangue intero, siero, plasma e cellule sia congelate che crioconservate).

La raccolta di tessuti HTR-TA riflette le popolazioni all'interno dell'area di competenza dell'UNMCCC.

Riepilogo dei servizi di risorse condivise HTR-TA per le domande di sovvenzione

La risorsa condivisa Human Tissue Repository and Tissue Analysis (HTR-TA) è in grado di eseguire numerose tecniche e offre una varietà di servizi a pagamento.

La risorsa condivisa HTR-TA raccoglie tessuto normale e tumorale compatibile principalmente da campioni chirurgici di scarto e li conserva congelati o in blocchi fissati in formalina e inclusi in paraffina (FFPE). I ricercatori possono richiedere i tessuti, previa approvazione dell'IRB (Human Research Protections Office) e del Comitato di Revisione Scientifica (SRC).

La risorsa condivisa HTR-TA può anche fornire una serie di servizi istologici e molecolari diversi, come sezionamento e colorazione H&E, immunoistochimica e immunofluorescenza utilizzando la piattaforma Ventana Discovery Ultra, creazione di microarray tissutali (TMA) personalizzati, digitalizzazione di vetrini (campo chiaro) tramite Aperio AT2 e analisi delle immagini tramite la piattaforma HALO™ (di Indica Labs, con sede ad Albuquerque, NM).

Sono disponibili vari tipi di analisi del sangue, comprese le prestazioni del conteggio delle cellule e la vitalità tramite Nexelom Cellometer 1000.

Alcuni ricercatori necessitano di campioni appositamente preparati o hanno requisiti specifici per i campioni. Per questi studi approvati, il personale HTR-TA, con risorse condivise, raccoglierà i campioni in modo prospettico e li elaborerà in base alle esigenze dei ricercatori. È necessario organizzare un incontro di fattibilità con il Responsabile Tecnico per discutere i servizi desiderati.

Per riconoscere l'uso di questa risorsa condivisa, includi quanto segue nelle tue pubblicazioni:

Questa ricerca è stata parzialmente supportata dal UNM Comprehensive Cancer Center Support Grant NCI P30CA118100 e si è avvalsa dell'Human Tissue Repository & Tissue Analysis Shared Resource, che riceve ulteriore supporto dal Dipartimento di Patologia della Facoltà di Medicina dell'Università del New Mexico.

Contatta la risorsa condivisa HTR-TA

Telefono: (505) 272-1127
E-mail: tissuebank@salud.unm.edu
Sale Fitz Hall 306B e 306C
UNM HSC Scuola di Medicina
Dipartimento di Patologia
MSC 08-4640
915 Camino de Salud, NE
Albuquerque, NM 87131

Standard e accreditamento del repository

Presso la risorsa condivisa UNM HTR-TA, ci impegniamo a mantenere i più elevati standard nella gestione dei campioni biologici, nella garanzia della qualità e nella supervisione etica. Le nostre attività seguono rigorose linee guida e best practice stabilite dalle principali organizzazioni nazionali e internazionali:

  • Istituto Nazionale del Cancro (NCI) – Sezione di Ricerca sui Biorepository e sui Campioni Biologici (BBRB)
    Aderiamo al BBRB Migliori pratiche per le risorse di campioni biologici, che forniscono una guida completa sulla raccolta, l'elaborazione, la conservazione e la distribuzione dei campioni biologici per garantire coerenza e integrità scientifica.
    https://biospecimens.cancer.gov/default.asp
  • Società internazionale per i depositi biologici e ambientali (ISBER)
    HTR si allinea con l'ISBER Best Practice per i repository, un quadro riconosciuto a livello internazionale per la gestione e la governance dei biorepository a supporto della ricerca nelle scienze biologiche e ambientali.
    https://www.isber.org/page/BPR
  • College of American Pathologists (CAP) – Programma di accreditamento dei biorepository
    HTR è orgogliosa di essere accreditata da CAP tramite il suo Biorepository Accreditation Program, che convalida la nostra conformità agli standard leader del settore in materia di qualità dei campioni biologici, tracciabilità ed eccellenza operativa.
    https://www.cap.org/laboratory-improvement/accreditation/biorepository-accreditation-program

Questi standard garantiscono che i nostri campioni biologici e servizi supportino una ricerca riproducibile e di alta qualità e contribuiscano in modo significativo ai progressi nella scienza del cancro e nella cura dei pazienti.

Personale di risorse condivise HTR-TA

joste-nancy-cc.jpgNancy Joste, dottore in medicina

Professore e Presidente del Dipartimento di Patologia

Direttore Medico

Supervisiona gli aspetti di controllo della qualità della Risorsa

Cathleen Martinez, polizia di Los AngelesCathleen Martinez PA

Technical Manager

Supervisiona gli aspetti tecnici della Risorsa

Fred Schultz, MAFred Schultz, MA

Gestione informatica

Servizi di Istologia e Patologia Molecolare

Processazione dei tessuti, inclusione in paraffina e sezionamento in paraffina, nonché congelamento rapido dei tessuti e sezionamento congelato. Colorazione H&E su paraffina e sezioni congelate.

Il laboratorio può colorare sezioni di tessuto con anticorpi standard utilizzando protocolli già in atto. In alternativa, il laboratorio può elaborare gli anticorpi utilizzando la piattaforma VENTANA DISCOVERY che consente più combinazioni di colorazione per ottimizzare i risultati della colorazione.

Immagine HER-2 e ER
Doppia colorazione per HER-2 ed ER
HTR Tissue Microarrays - e-caderina

Progettazione e costruzione di microarray tissutali: ciò comporta la raccolta di blocchi di paraffina donatore, la selezione delle aree di interesse per il nucleo e il posizionamento dei nuclei in un blocco di paraffina ricevente vuoto. I vantaggi sono in termini di velocità e costo, poiché più campioni possono essere valutati su un vetrino. Il tipico TMA contiene circa da 50 a 200 nuclei di 0.6 mm-2.0 mm di diametro. Si possono ottenere circa 50 sezioni da un blocco TMA.

 

(A destra: E-caderina)

Il personale addetto alle risorse condivise dell'HTR-TA può recuperare blocchi di tessuto d'archivio dall'ospedale UNM.

Questo di solito prevede la raccolta di tessuti in eccesso o residui rimasti al momento della resezione chirurgica, dopo il prelievo di campioni diagnostici per l'esame microscopico da parte del chirurgo patologo, e la conservazione di una quantità sufficiente di campione in paraffina per potenziali futuri test per la cura del paziente. Il personale del servizio condiviso HTR-TA raccoglierà i tessuti presso la Sala di Dissezione Macroscopica del Dipartimento di Patologia Chirurgica dell'UNM HSC. Attualmente, il servizio condiviso HTR-TA non esegue venipunture, ma conserverà tali campioni su richiesta dei ricercatori.

 I consulenti del progetto di risorse condivise HTR-TA possono raccogliere dati patologici e clinici privi di identificatori HIPAA e codificati in campioni corrispondenti.

Analisi delle immagini

Le immagini di H&E o sezioni di tessuto macchiate immunoistochimicamente vengono acquisite sullo scanner digitale Leica AT2 e caricate nel software di imaging e annotazione HALO.

Il software HALO consente di annotare il tessuto (tumore, stroma, muscolo, grasso ecc.) e quindi contare le cellule positive per la proteina scelta (figura, a destra) all'interno di ciascuna di queste regioni annotate. Ti consentirà inoltre di analizzare e quantificare le interazioni con i vicini più prossimi.

Il software include uno strumento per la creazione di figure in grado di creare foto multi-pannello di immagini in formati pubblicabili inclusi fotogrammi di riferimento e barra di scala

Immagine dei risultati quantitativi

Questa figura mostra la quantificazione della colorazione per Ki67 nel cancro al seno. Il pannello in alto a sinistra mostra il campione di microarray tissutale, il pannello centrale mostra la colorazione Ki67 (marrone) senza il markup HALO e il pannello di destra mostra la stessa immagine con il markup HALO.

Il markup mostra una colorazione di basso livello (giallo), moderata (marrone) e alti livelli (rosso) di Ki67 nel nucleo delle cellule tumorali. La colorazione blu sono cellule negative per Ki67. Il software può contare indipendentemente la colorazione Ki67 nello stoma del tumore.

La tabella mostra una lettura del numero e della percentuale di cellule in ciascuna categoria di colorazione e l'istogramma mostra la distribuzione della colorazione.

Come richiedere i campioni

Contatti Cathy Martinez per pianificare.

Apri il tuo account in iLab:

  1. Passare alla Pagina di accesso di iLabs.
  2. Nell'angolo in alto a destra dello schermo, seleziona iscriviti
  3. Compila il modulo di registrazione nella pagina di registrazione.
  4. Ricevi un'e-mail di benvenuto da iLab con le credenziali di accesso e le istruzioni

Richiedere servizi in iLab:

  1. Stabilisci una richiesta di acquisto (PR) attraverso il tuo dipartimento. Invia un'e-mail al PR a Palakshi Reddy Bandapalli richiedendo che venga aggiunto al tuo lab nel sistema iLab.
  2. Vai Accesso iLabs .
  3. Nell'angolo in alto a destra di questa pagina, inserisci il tuo nome utente e password.
  4. Nella scheda "Richiedi servizi", fai clic su "Avvia richiesta".
  5. Compila il modulo e fornisci le informazioni di pagamento per la tua richiesta prima di inviarla alla risorsa condivisa HTR-TA.
    1. Assicuratevi che il titolo del progetto e i numeri SRC/HRRC/IACUC corrispondano a quelli riportati sulle lettere di approvazione.
    2. Sotto ogni categoria di servizi, inserisci il numero desiderato e fai clic sulla scheda "Aggiungi servizi selezionati". I servizi verranno aggiunti in fondo al modulo.
    3. Utilizzare la casella "Informazioni aggiuntive" per aggiungere dettagli importanti e allegare/caricare qualsiasi documento pertinente, come un elenco di campioni o una descrizione dell'orientamento.
  6. Le richieste saranno in attesa di revisione da parte della risorsa condivisa HTR-TA, che apporterà le modifiche necessarie e le sottoporrà nuovamente per la tua approvazione. Riceverai un'e-mail da iLab relativa alla tua richiesta di progetto aggiornata.
Per utilizzare campioni precedentemente conservati in banca:
  1. Presenta la tua proposta al comitato di revisione scientifica (SRC). Contatta Ernestine Armijo per una guida in questo processo.
  2. Compilare la domanda SRC (HRP-224) con tutte le firme richieste e inviarla all'SRC.
  3. Una volta che l'SRC approva la tua proposta, invia la lettera di approvazione con la tua domanda all'UNM Comitato di revisione della ricerca umana (HRRC) Comitato di revisione istituzionale (IRB).

Per navigare nel processo di richiesta IRB:

  1. Nel link soprastante, clicca sul pulsante “irb.health.unm.edu” in fondo alla pagina.
  2. Fare clic sulla scheda IRB nella parte superiore dello schermo
  3. Fare clic sul pulsante "Crea nuovo studio" a sinistra
  4. Compilare il modulo
  5. Alla domanda n. 7, clicca sul link "Libreria IRB" e seleziona il protocollo appropriato per il tuo studio.
    1. Se il tuo studio richiede solo materiali non identificati, seleziona il protocollo di categoria 4 esente (HRP-582). *Nota: i tessuti di scarto non identificati potrebbero non richiedere il consenso.
    2. Se il tuo studio non richiede di ottenere informazioni su individui viventi, seleziona Ricerca su soggetti non umani (HRP-585)
    3. È possibile presentare una richiesta accelerata se il proprio studio coinvolge solo campioni che sono stati raccolti esclusivamente per scopi non di ricerca (come cure mediche e diagnosi)
  6. Se hai bisogno di aiuto per orientarti nel processo di candidatura all'IRB o per identificare il protocollo che meglio soddisfa le esigenze del tuo progetto, per favore contattare Ernestine Armijo per assistenza.

Dopo l'approvazione dell'HRRC, invia una richiesta di tessuto alla risorsa condivisa HTR-TA tramite iLab. Ti verrà richiesto di caricare le lettere di approvazione dell'SRC e dell'IRB e di inviare una richiesta di acquisto (PR) attiva.

Navigazione in iLab:

  1. Accedere a https://my.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3041.
  2. Nell'angolo in alto a destra dello schermo, seleziona Registrati.
  3. Completa il modulo di registrazione.
  4. Ricevi un'e-mail di benvenuto da iLab con le credenziali di accesso e le istruzioni.

Richiesta di servizi in iLab:

  1. Invia una richiesta di acquisto (PR) a Palakshi Bandapalli richiedendo che venga aggiunto al tuo account iLab per l'utilizzo sui servizi HTR.
  2. Vai su https://my.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3041.
  3. Nell'angolo in alto a destra della pagina, clicca su "Accedi" e inserisci nome utente e password.
  4. Nella scheda "Richieste di servizio", fare clic su "Avvia richiesta" accanto a Richiesta di servizio di risorse di condivisione per l'analisi dei tessuti e il deposito di tessuti umani.
  5. Compila il modulo, caricando le lettere di approvazione SRC/IRB/IACUC appropriate e seleziona il numero PR dal menu a discesa. Clicca su "Invia richiesta".
  6. Lo stato della richiesta sarà in attesa di revisione da parte dell'HTR. Le modifiche necessarie saranno apportate e rinviate per approvazione.
  7. Le e-mail di iLab comunicheranno lo stato del progetto.
  1. Contattare la risorsa condivisa HTR-TA per una sessione di pianificazione/fattibilità.
  2. Presenta la tua proposta al comitato di revisione scientifica (SRC). Contatta Ernestine Armijo per indicazioni su questo processo.
  3. Una volta che l'SRC ha approvato la tua proposta, invia la lettera di approvazione con la tua domanda al Comitato di revisione istituzionale (IRB) del Comitato di revisione della ricerca umana dell'UNM (HRRC) (vedi istruzioni sopra).
  4. Contattare la risorsa condivisa HTR-TA per un'ulteriore sessione di pianificazione (solitamente necessaria per chiarire i dettagli del processo). Questo incontro include l'ottenimento dell'approvazione dal Capo della Divisione di Patologia Chirurgica per garantire la disponibilità dei campioni mantenendo al contempo la conformità alle normative nazionali di laboratorio e la migliore assistenza al paziente.
  5. Se dopo la conclusione dell'indagine è rimasto del tessuto, è necessario restituirlo alla risorsa condivisa HTR-TA.
  1. È necessario ottenere l'approvazione del Comitato di revisione della ricerca umana locale se una parte del tessuto raccolto può essere potenzialmente utilizzata per la ricerca.
  2. Il capo della divisione di patologia chirurgica o un suo incaricato deve approvare il metodo di raccolta del campione per garantire che venga mantenuto un tessuto rappresentativo sufficiente per l'assistenza clinica

Inventario

Sito dei tessuti raccolti

(Include tessuto d'archivio da UNM e raccolta prospettica per i ricercatori per studi specifici.)

  • Vescica, sangue, ossa, midollo osseo, cervello, seno
  • Parete toracica, colorettale
  • Diaframma
  • Cistifellea
  • Testa e collo
  • Rene
  • Fegato, Polmone, Linfonodo
  • mediastino
  • omento, ovaio
  • Pancreas, Pene, Peritoneo, Prostata
  • Saliva, ghiandole salivari, pelle, intestino tenue, tessuti molli, milza, stomaco
  • Testicolo, Timo, Tiroide
  • Utero e cervice
  • vagina/vulva

Contattaci per conoscere i prezzi attuali e un elenco aggiornato degli anticorpi ottimizzati.

Registro ampliato del cancro al seno (EBCR)

Questa è una raccolta di tessuti complicata composta da oltre 400 pazienti consentiti con più punti temporali e tipi di tessuto raccolti. Su ogni paziente sono stati raccolti:

  • 5 aliquote di siero massimo/partecipante/raccolta (come tempo di riferimento o FUP)
  • 10 aliquote di plasma massimo/partecipante/raccolta
  • 10 aliquote di DNA da sangue intero/partecipante/raccolta
  • 2 aliquote di DNA massimo da collutorio o tampone/partecipante/raccolta
  • tessuto mammario (aspirati con ago sottile, fiale e stampi OCT) - tutti i casi sono diversi.

Per favore, contattare la risorsa condivisa HTR-TA per una query più dettagliata di questo set di dati.