Deposito di tessuti umani e analisi dei tessuti

Il deposito dei tessuti umani e la risorsa condivisa per l'analisi dei tessuti (HTR-TASR) sono finanziati congiuntamente dal Cancer Center e dal Dipartimento di Patologia. Sono stati istituiti per facilitare la ricerca traslazionale della facoltà del Cancer Center, del Dipartimento di Patologia, della Scuola di Medicina e di tutti gli Istituti. Questo sito Web descrive i servizi offerti e i dettagli di contatto dei membri del personale HTR-TASR che possono fornire consulenza sulla disponibilità dei campioni e su tutti gli aspetti dell'istologia e della patologia molecolare.

Scopo

Facilitare l'acquisizione, l'archiviazione e la distribuzione di campioni di tessuto umano di alta qualità ai ricercatori dell'UNM per l'uso in indagini scientifiche osservando i principi e i regolamenti etici, scientifici e legislativi appropriati.

Usiamo il Migliori pratiche NCI per le risorse dei campioni biologici come nostra guida.

Informazioni su HTR-Tissue

La risorsa condivisa HTR-Tissue:

  • Beneficia i futuri pazienti consentendo ai ricercatori di accedere a tessuti ben conservati e mantenuti che altrimenti potrebbero non essere disponibili
  • Beneficia UNM HSC rafforzando la missione di fornire cure di qualità ai pazienti attraverso la promozione di ricerche innovative e clinicamente preziose
  • La funzione di intermediario onesto dell'HTR nell'erogazione di campioni anonimi privi dei 18 identificatori personali HIPAA protegge i ricercatori da potenziali complicazioni/violazioni HIPAA

Il TASR offre una varietà di servizi di istologia, inclusa l'elaborazione e l'inclusione in paraffina, la paraffina e il sezionamento congelato, la colorazione H&E, la colorazione IHC, la costruzione del TMA, la digitalizzazione dei vetrini e l'analisi delle immagini.

Riepilogo dei servizi HTR-TASR per le domande di sovvenzione

Il deposito di tessuti umani e la risorsa condivisa per l'analisi dei tessuti (HTR-TASR) ha la capacità di eseguire una serie di tecniche e offre una varietà di servizi a pagamento per servizio.

L'HTR-TASR raccoglie tessuto normale e tumorale abbinato principalmente da campioni chirurgici scartati rimanenti e li conserva congelati o come blocchi fissati in formalina inclusi in paraffina (FFPE). Gli investigatori possono richiedere i tessuti, con le approvazioni richieste dall'IRB (Human Research Protections Office) e dal Tissue Research Oversight Committee (TROC, ex SRC).

L'HTR-TASR può anche fornire una serie di diversi servizi istologici e molecolari, come sezionamento e colorazione H&E, immunoistochimica e immunofluorescenza utilizzando la piattaforma Ventana Discovery Ultra, creazione di Tissue Microarrays personalizzati (TMA), digitalizzazione di vetrini (campo chiaro e fluorescente) tramite l'Aperio Versa 200 e l'analisi delle immagini utilizzando la piattaforma HALO™ (da Indica Labs, sede centrale ad Albuquerque, NM).

Sono disponibili vari tipi di analisi del sangue, comprese le prestazioni del conteggio delle cellule e la vitalità tramite Nexelom Cellometer 1000.

Alcuni ricercatori richiedono campioni appositamente preparati o hanno requisiti specifici per i campioni. Per questi studi approvati, il personale HTR raccoglierà in modo prospettico i campioni e il processo su misura per le esigenze dei ricercatori. Inoltre, sono disponibili alcuni servizi molecolari, come l'estrazione del DNA e dell'RNA, la PCR e la PCR in tempo reale. Dovrebbe essere organizzato un incontro di fattibilità con il responsabile tecnico e il responsabile operativo per discutere i servizi desiderati.

Per riconoscere l'uso di questa risorsa condivisa, includi quanto segue nelle tue pubblicazioni:

Questa ricerca è stata parzialmente supportata dall'UNM Comprehensive Cancer Center Support Grant NCI P30CA118100 e ha fatto uso dell'Human Tissue Repository and Tissue Analysis Shared Resource, che riceve ulteriore supporto dal Dipartimento di Patologia della School of Medicine dell'Università del New Mexico.

Contatta HTR-Tissue

Telefono: (505) 272-1127
E-mail: tissuebank@salud.unm.edu
Sale Fitz Hall 306B e 306C
UNM HSC Scuola di Medicina
Dipartimento di Patologia
MSC 08-4640
915 Camino de Salud, NE
Albuquerque, NM 87131

Personale HTR-TA

Dennis McCance, dottore di ricercaDennis J. McCance PhD

Professore di ricerca, Patologia

Direttore Scientifico

Sovrintende a tutti gli aspetti della Risorsa

Edgar Fischer, medicoEdgar Fischer MD

Professore, Patologia

Direttore Medico

Supervisiona gli aspetti di controllo della qualità della Risorsa

Cathleen Martinez, polizia di Los AngelesCathleen Martinez PA

Servizio Tecnico

Supervisiona gli aspetti tecnici della Risorsa

Sadie La Bauve, dottore di ricercaDottore di ricerca Sadie La Bauve

Specialista operativo

Gestisce le responsabilità quotidiane

Fred Schultz, MAFred Schultz, MA

Gestione informatica

Servizi di Istologia e Patologia Molecolare

Trattamento dei tessuti e inclusione in paraffina o congelamento rapido dei tessuti. Il tessuto può essere colorato con una colorazione H&E o rimanere non colorato.

Il laboratorio può colorare sezioni di tessuto con anticorpi standard utilizzando protocolli già in atto. In alternativa, il laboratorio può elaborare gli anticorpi utilizzando la piattaforma VENTANA DISCOVERY che consente più combinazioni di colorazione per ottimizzare i risultati della colorazione.

Immagine HER-2 e ER
Doppia colorazione per HER-2 ed ER
HTR Tissue Microarrays - e-caderina

Progettazione e costruzione di microarray tissutali: ciò comporta la raccolta di blocchi di paraffina donatore, la selezione delle aree di interesse per il nucleo e il posizionamento dei nuclei in un blocco di paraffina ricevente vuoto. I vantaggi sono in termini di velocità e costo, poiché più campioni possono essere valutati su un vetrino. Il tipico TMA contiene circa da 50 a 200 nuclei di 0.6 mm-2.0 mm di diametro. Si possono ottenere circa 50 sezioni da un blocco TMA.

 

(A destra: E-caderina)

Il personale HTR-TASR può recuperare i blocchi di tessuto d'archivio dall'UNM Hospital.

Questo di solito comprende la raccolta di tessuti in eccesso o residui rimasti al momento della resezione chirurgica dopo che sono stati prelevati campioni diagnostici per la revisione microscopica del patologo chirurgico e una quantità sufficiente di campione viene conservata in paraffina per potenziali test futuri per la cura del paziente. Il personale HTR-TASR raccoglierà i tessuti nella Sala Dissezione Grossolana dell'UNM HSC Surgical Pathology. Attualmente, l'HTR non esegue punture venose, ma metterà in banca tali campioni come richiesto dai ricercatori.

I consulenti del progetto HTR-TASR possono raccogliere dati patologici e clinici che vengono privati ​​degli identificatori HIPAA mentre sono codificati per campioni corrispondenti.

Analisi delle immagini

Le immagini di H&E o sezioni di tessuto macchiate immunoistochimicamente vengono acquisite sullo scanner digitale Leica AT2 e caricate nel software di imaging e annotazione HALO.

Il software HALO consente di annotare il tessuto (tumore, stroma, muscolo, grasso ecc.) e quindi contare le cellule positive per la proteina scelta (figura, a destra) all'interno di ciascuna di queste regioni annotate. Ti consentirà inoltre di analizzare e quantificare le interazioni con i vicini più prossimi.

Il software include uno strumento per la creazione di figure in grado di creare foto multi-pannello di immagini in formati pubblicabili inclusi fotogrammi di riferimento e barra di scala

Immagine dei risultati quantitativi

Questa figura mostra la quantificazione della colorazione per Ki67 nel cancro al seno. Il pannello in alto a sinistra mostra il campione di microarray tissutale, il pannello centrale mostra la colorazione Ki67 (marrone) senza il markup HALO e il pannello di destra mostra la stessa immagine con il markup HALO.

Il markup mostra una colorazione di basso livello (giallo), moderata (marrone) e alti livelli (rosso) di Ki67 nel nucleo delle cellule tumorali. La colorazione blu sono cellule negative per Ki67. Il software può contare indipendentemente la colorazione Ki67 nello stoma del tumore.

La tabella mostra una lettura del numero e della percentuale di cellule in ciascuna categoria di colorazione e l'istogramma mostra la distribuzione della colorazione.

Come richiedere i campioni

Contatti Cathy Martinez or Sadie La Bauve per pianificare.

Apri il tuo account in iLab:

  1. Passare alla Pagina di accesso di iLabs.
  2. Nell'angolo in alto a destra dello schermo, seleziona iscriviti
  3. Compila il modulo di registrazione nella pagina di registrazione.
  4. Ricevi un'e-mail di benvenuto da iLab con le credenziali di accesso e le istruzioni

Richiedere servizi in iLab:

  1. Stabilisci una richiesta di acquisto (PR) attraverso il tuo dipartimento. Invia un'e-mail al PR a Maria Sherman richiedendo che venga aggiunto al tuo lab nel sistema iLab.
  2. Vai Accesso iLabs .
  3. Nell'angolo in alto a destra di questa pagina, inserisci il tuo nome utente e password.
  4. Nella scheda "Richiedi servizi", fai clic su "Avvia richiesta" accanto al servizio di interesse (Archivio di tessuti umani vs Servizi di patologia molecolare).
  5. Completa il modulo e fornisci le informazioni di pagamento per la tua richiesta prima di inviare la richiesta all'HTR.
    1. Assicurati che il titolo del progetto e i numeri TROC/HRRC/IACUC corrispondano a quelli sulle lettere di approvazione.
    2. Sotto ogni categoria di servizi, inserisci il numero desiderato e fai clic sulla scheda "Aggiungi servizi selezionati". I servizi verranno aggiunti in fondo al modulo.
    3. Utilizzare la casella "Informazioni aggiuntive" per aggiungere dettagli importanti e allegare/caricare qualsiasi documento pertinente, come un elenco di campioni o una descrizione dell'orientamento.
  6. Le richieste saranno in attesa di revisione da parte dell'HTR, che apporterà le modifiche necessarie e le sottoporrà per l'approvazione. Riceverai un'e-mail da iLab relativa alla tua richiesta di progetto aggiornata.
  1. Invia la tua proposta al Tissue Research Oversight Committee (TROC). Contatta Cassandra Misenar per una guida in questo processo.
  2. Una volta che il TROC ha approvato la tua proposta, invia la lettera di approvazione con la tua domanda all'UNM Comitato di revisione della ricerca umana (HRRC) Comitato di revisione istituzionale (IRB).

Per navigare nel processo di richiesta IRB:

  1. Sul collegamento sopra, fare clic sul pulsante "Fai clic su IRB" a sinistra
  2. Fare clic sulla scheda IRB nella parte superiore dello schermo
  3. Fare clic sul pulsante "Crea nuovo studio" a sinistra
  4. Compilare il modulo
  5. Alla domanda #7, fai clic sul collegamento per accedere alla libreria e selezionare il protocollo appropriato per il tuo studio
    1. Se il tuo studio richiede solo materiali anonimizzati, seleziona il protocollo di categoria 4 esente (HRP-582). *Nota: i tessuti di scarto anonimizzati potrebbero non richiedere il consenso
    2. Se il tuo studio non richiede di ottenere informazioni su individui viventi, seleziona Ricerca su soggetti non umani (HRP-585)
    3. È possibile presentare una richiesta accelerata se il proprio studio coinvolge solo campioni che sono stati raccolti esclusivamente per scopi non di ricerca (come cure mediche e diagnosi)
  6. Dopo l'approvazione dell'HRRC, inviare una richiesta di tessuto all'HTR tramite iLab. Caricherai le tue lettere di approvazione SRC e IRB e avrai un PR attivo nel sistema.
  1. Contattare l'HTR-TASR per una sessione di pianificazione/fattibilità.
  2. Invia la tua proposta al Tissue Research Oversight Committee (TROC). Contatta Cassandra Misenar per indicazioni su questo processo.
  3. Una volta che il TROC ha approvato la tua proposta, invia la lettera di approvazione con la tua domanda all'UNM Human Research Review Committee (HRRC) Institutional Review Board (IRB) (vedi istruzioni sopra).
  4. Contattare l'HTR-TASR per un'ulteriore sessione di pianificazione (solitamente richiesta per chiarire i dettagli del processo. Questa riunione include l'ottenimento dell'approvazione dal capo della divisione di patologia chirurgica per garantire la disponibilità dei campioni mantenendo la conformità alle normative nazionali di laboratorio e la migliore assistenza al paziente.
  5. Se hai tessuto residuo dopo la chiusura della tua indagine, devi restituirlo all'HTR
  1. È necessario ottenere l'approvazione del Comitato di revisione della ricerca umana locale se una parte del tessuto raccolto può essere potenzialmente utilizzata per la ricerca.
  2. Il capo della divisione di patologia chirurgica o un suo incaricato deve approvare il metodo di raccolta del campione per garantire che venga mantenuto un tessuto rappresentativo sufficiente per l'assistenza clinica

Inventario

Sito dei tessuti raccolti

(Include tessuto d'archivio da UNM e raccolta prospettica per i ricercatori per studi specifici.)

  • Vescica, sangue, ossa, midollo osseo, cervello, seno
  • Parete toracica, colorettale
  • Diaframma
  • Cistifellea
  • Testa e collo
  • Rene
  • Fegato, Polmone, Linfonodo
  • mediastino
  • omento, ovaio
  • Pancreas, Pene, Peritoneo, Prostata
  • Saliva, ghiandole salivari, pelle, intestino tenue, tessuti molli, milza, stomaco
  • Testicolo, Timo, Tiroide
  • Utero e cervice
  • vagina/vulva

Registro ampliato del cancro al seno (EBCR)

Questa è una raccolta di tessuti complicata composta da oltre 400 pazienti consentiti con più punti temporali e tipi di tessuto raccolti. Su ogni paziente sono stati raccolti:

  • 5 aliquote di siero massimo/partecipante/raccolta (come tempo di riferimento o FUP)
  • 10 aliquote di plasma massimo/partecipante/raccolta
  • 10 aliquote di DNA da sangue intero/partecipante/raccolta
  • 2 aliquote di DNA massimo da collutorio o tampone/partecipante/raccolta
  • tessuto mammario (aspirati con ago sottile, fiale e stampi OCT) - tutti i casi sono diversi.

Si prega di contattare l'HTR-TASR per una query più dettagliata di questo set di dati.