Genomica analitica e traslazionale

L'ATG è accessibile a tutti i ricercatori dell'Università del New Mexico (UNM) e delle istituzioni collegate. Tuttavia, è essenziale fornire una citazione per P30CA118100 e menzionare anche l'ATG, insieme ad altre risorse condivise dall'UNMCCC utilizzate per produrre i dati.

Per dare credito ai nostri contributi, vi preghiamo gentilmente di includere il seguente testo nella sezione dei ringraziamenti dei vostri manoscritti:

Questo studio ha ricevuto un finanziamento parziale dal Comprehensive Cancer Center Support Grant dell'UNM NCI P30CA118100 e ha utilizzato la risorsa condivisa di genomica analitica e traslazionale.

Servizi, tecnologie e attrezzature chiave

Sequenziamento del DNA e RNA ad alto rendimento. ATG offre sequenziamento dell'intero genoma, RNA-seq in massa, ChIP-seq, RIP-seq, analisi dell'esoma e di piccoli RNA utilizzando il sequenziatore Singular Genomics G4. Il materiale di partenza può includere cellule, saliva, sangue e campioni istologici FFPE o freschi congelati. 

Sequenziamento di singole cellule genomiche 10x. Utilizzando il controller Chromium 10x Genomics, insieme a un contatore cellulare automatico Countess II e a un dissociatore Miltenyi gentleMACS Octo per creare sospensioni monocellulari, il personale ATG prepara i campioni e costruisce le librerie NGS per NGS di DNA e RNA.

10x Visium-HD e Xenium in situ per l'analisi dell'intero trascrittoma e dell'espressione genica mirata. In collaborazione con la risorsa condivisa Human Tissue Repository & Tissue Analysis (HTR-TA), l'ATG offre l'analisi spaziale dell'intero trascrittoma di tessuti freschi, congelati e FFPE utilizzando le tecnologie di espressione genica spaziale in situ Visium-HD e Xenium di 10x Genomics. L'espressione genica spaziale Visium HD delinea il trascrittoma completo di intere sezioni di tessuto, fornendo contesto morfologico e alta risoluzione cellulare. Xenium in situ consente la mappatura subcellulare ad alto rendimento di un massimo di 5,000 geni insieme a proteine ​​multiplexate all'interno dello stesso segmento di tessuto, ottenuta in collaborazione con l'HTR-TA per la preparazione dei campioni.

Analisi dei dati NGS, scRNA-seq e interazioni con le risorse condivise di biostatistica e bioinformatica e scienza dei dati (BDS). L'ATG si coordina con le Risorse Condivise di Biostatistica e BDS per definire analisi di controllo qualità e sviluppare pipeline di analisi dei dati per i dati G4-Singular, tra cui il rilevamento di varianti a singolo nucleotide (SNV) da campioni di DNA, l'analisi dell'espressione genica, l'analisi delle varianti da RNA, i dati scRNA-seq, il rilevamento di trascritti di fusione da RNA-seq e l'analisi delle varianti del numero di copie (CNV). I file elaborati vengono archiviati nel nostro account cloud AWS sicuro e utilizzati per analisi downstream dal personale dell'ATG o dal BDS, utilizzando script R personalizzati. Il Direttore Tecnico dell'ATG, Brayer, svolge il duplice ruolo di bioinformatico senior e di collegamento con le Risorse Condivise di Biostatistica e BDS per facilitare la progettazione dello studio e l'analisi dei dati.

Archiviazione ed elaborazione dati. L'ATG gestisce un account AWS sicuro, conforme all'HIPAA e approvato dall'IRB, in cui è possibile archiviare e analizzare grandi set di dati. Tutti i dati vengono anonimizzati, crittografati durante il transito e archiviati. Solo gli utenti autorizzati hanno accesso, il che richiede l'autenticazione a due fattori. Per la sicurezza dei dati genomici, l'ATG aderisce alle policy delineate nelle "Best Practice di Sicurezza per i Dati ad Accesso Controllato" del NIH, soggette alla Politica di Condivisione dei Dati Genomici del NIH.

Altri servizi. L'ATG dispone di un Agilent BioAnalyzer, un fluorimetro Qubit, un Miltenyi gentleMACs Octo Dissociator con riscaldatori (per la generazione di sospensioni monocellulari da tessuto), un contatore di cellule automatico Countess II e un ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR, disponibili per l'uso da parte dei membri dell'UNMCCC. È disponibile un robot di estrazione di DNA/RNA Qiagen EZ2 per l'estrazione automatizzata di acidi nucleici ad alto volume.

ATG può sequenziare i seguenti tipi:

• Rilevazione di mutazioni o varianti genetiche. Ciò potrebbe comportare la valutazione del livello di mutazioni genetiche in un tumore, l’analisi di specifiche variazioni genetiche in un particolare cancro o malattia, o la valutazione di come le cellule rispondono al danno al DNA dopo una lesione o un trattamento. In genere, ciò si ottiene utilizzando il sequenziamento mirato del pannello genetico per analizzare i geni collegati al cancro o ad alcune malattie.
• Studi di espressione genica. Profili trascrizionali di cellule, tessuti, organoidi o campioni di pazienti, sia come cellule singole che in quantità maggiori.
• Una gamma di test per l'analisi dello stato della cromatina, dagli studi sulla metilazione del DNA ai test ATAC a ChIP-seq, sono disponibili.
• Studio degli RNA non codificanti come ncRNA, lincRNA, miRNA e tRNA.

Si prega di contattare Kel Cook (kelcook@salud.unm.edu) o Kathryn Brayer (kbrayer@salud.unm.edu) per programmare una consulenza.

ATG utilizza iLab per la fatturazione.

Per domande riguardanti iLab o per l'impostazione dell'account/PR per l'uso nella risorsa condivisa, inviare un'e-mail Palakshi Reddy Bandapalli o chiamare 505-272-4539.

Il sequenziatore G4 di Singular Genomics

• Sequencer accoppiato flessibile e veloce
• In grado di produrre fino a 1.6 miliardi di letture 2 x 150 bp in 24 ore
• Può essere configurato per una varietà di lunghezze di lettura
• Compatibile con quasi tutte le librerie che possono essere sequenziate sugli strumenti Illumina.

Per maggiori informazioni: https://www.singulargenomics.com/

Il 10x Genomics Chromium iX

• Partiziona cellule o nuclei per il sequenziamento di singole cellule
• Cattura RNA, proteine ​​e/o cromatina
• Saggio dell'espressione genica, repertorio delle cellule immunitarie, accessibilità della cromatina, perturbazioni CRISPR
• Gli input variano a seconda del test, ma includono sospensioni di cellule vive, nuclei, cellule fissate, tessuto congelato e blocchi FFPE. Sono disponibili test indipendenti dalla specie

Per maggiori informazioni: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

L'analizzatore di Xenium 10x Genomics

• Piattaforma di imaging di trascrittomica spaziale
• Risoluzione subcellulare
• Capace di catturare fino a 5,000 geni
• Pannelli genetici multipli pre-progettati che possono essere ulteriormente personalizzati (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

Per maggiori informazioni: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

Il 10x Genomics CytAssist

• Facilita i test di trascrittomica spaziale Visium e Visium HD
• Inizia da blocchi FFPE o sezioni FFPE pretagliate e appena congelate
• Compatibile con sezioni colorate con H&E o con immunofluorescenza

Per maggiori informazioni: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• Bioanalizzatore Agilent: Analizzare la qualità/quantità del DNA e dell'RNA utilizzando input minimi. (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• Fluorimetro Qubit II: Quantificazione del DNA e dell'RNA.
• ThermoFisher/Invitrogen Countess II: Contare le cellule e quantificare la proporzione di cellule vive in un campione.

• Miltenyi Biotec gentle MACS Octo Dissociator con riscaldatori: Dissociare i campioni di tessuto prima del sequenziamento di singole cellule.
• Qiagen EZ2: Estrazione automatizzata di DNA e RNA.
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR. Sistema PCR in tempo reale con blocchi da 96 e 384 pozzetti per consentire flessibilità e semplicità nelle analisi dell'espressione genica.

Strumenti selezionati sono disponibili per l'uso da parte di membri qualificati e formati della comunità UNM. Gli strumenti condivisi sono disponibili durante il normale orario di lavoro e in altri orari previo accordo speciale. Si prega di contattare lo staff della struttura ATG per ulteriori informazioni sui test e sui prezzi.