Genomica analitica e traslazionale

L'ATG è accessibile a tutti i ricercatori dell'Università del New Mexico (UNM) e delle istituzioni collegate. Tuttavia, è essenziale fornire una citazione per P30CA118100 e menzionare anche l'ATG, insieme ad altre risorse condivise dall'UNMCCC utilizzate per produrre i dati.

Per dare credito ai nostri contributi, vi preghiamo gentilmente di includere il seguente testo nella sezione dei ringraziamenti dei vostri manoscritti:

Questo studio ha ricevuto finanziamenti parziali dal UNM Comprehensive Cancer Center Support Grant NCI P30CA118100 e ha utilizzato le risorse condivise di genomica analitica e traslazionale.

Servizi, tecnologie e attrezzature chiave

Sequenziamento del DNA e dell'RNA ad alta produttività. ATG offre sequenziamento dell'intero genoma, sequenziamento dell'RNA in massa, ChIP-seq, RIP-seq, analisi dell'esoma e dei piccoli RNA utilizzando il sequenziatore Singular Genomics G4. Il materiale di partenza può includere cellule, saliva, sangue e campioni patologici FFPE o congelati.

Sequenziamento di singole cellule con 10x Genomics. Utilizzando il controller Chromium di 10x Genomics, insieme a un contatore automatico di cellule Countess II e a un dissociatore Miltenyi gentleMACS Octo per creare sospensioni di singole cellule, il personale di ATG prepara i campioni e costruisce le librerie NGS per il sequenziamento di nuova generazione (NGS) di DNA e RNA.

Analisi dell'intero trascrittoma e dell'espressione genica mirata mediante Visium-HD 10x e Xenium in situ. In collaborazione con l'Human Tissue Repository & Tissue Analysis (HTR-TA) Shared Resource, l'ATG offre analisi spaziali dell'intero trascrittoma di tessuti freschi congelati e inclusi in paraffina (FFPE) utilizzando le tecnologie di espressione genica spaziale Visium-HD e Xenium in situ di 10x Genomics. L'analisi dell'espressione genica spaziale con Visium HD delinea l'intero trascrittoma di intere sezioni di tessuto, fornendo un contesto morfologico e un'elevata risoluzione cellulare. Xenium in situ consente la mappatura subcellulare ad alto rendimento di fino a 5,000 geni, insieme a proteine ​​multiplexate, all'interno dello stesso segmento di tessuto, ottenuto in collaborazione con l'HTR-TA per la preparazione del campione.

Analisi dei dati NGS, scRNA-seq e interazione con le risorse condivise di Biostatistica e Bioinformatica e Scienza dei Dati (BDS). L'ATG collabora con le risorse condivise di Biostatistica e BDS per stabilire analisi di controllo qualità e sviluppare pipeline di analisi dei dati per i dati G4-Singular, tra cui il rilevamento di varianti a singolo nucleotide (SNV) da campioni di DNA, analisi dell'espressione genica, analisi delle varianti da RNA, dati scRNA-seq, rilevamento di trascritti di fusione da RNA-seq e analisi delle varianti del numero di copie (CNV). I file elaborati vengono archiviati nel nostro account cloud AWS sicuro e utilizzati per analisi successive dal personale ATG o dal BDS, utilizzando script R personalizzati. Il direttore tecnico dell'ATG, Brayer, svolge un duplice ruolo come bioinformatico senior e referente per le risorse condivise di Biostatistica e BDS per facilitare la progettazione dello studio e l'analisi dei dati.

Archiviazione ed elaborazione dei dati. L'ATG gestisce un account AWS sicuro, conforme alle normative HIPAA e approvato dall'IRB, dove è possibile archiviare e analizzare grandi set di dati. Tutti i dati vengono anonimizzati, crittografati durante la trasmissione e archiviati. Solo gli utenti autorizzati hanno accesso, il che richiede l'autenticazione a due fattori. Per la sicurezza dei dati genomici, l'ATG si attiene alle politiche delineate nelle "NIH Security Best Practices for Controlled-Access Data, Subject to the NIH Genomic Data Sharing Policy".

Altri servizi. L'ATG dispone di un Agilent BioAnalyzer, un fluorimetro Qubit, un dissociatore Miltenyi gentleMACs Octo con riscaldatori (per la generazione di sospensioni di cellule singole da tessuto), un contatore automatico di cellule Countess II e un sistema ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR, tutti a disposizione dei membri dell'UNMCCC. È inoltre disponibile un robot per l'estrazione di DNA/RNA Qiagen EZ2 per l'estrazione automatizzata di acidi nucleici ad alto volume.

ATG può sequenziare i seguenti tipi:

• Rilevazione di mutazioni o varianti genetiche. Ciò potrebbe comportare la valutazione del livello di mutazioni genetiche in un tumore, l’analisi di specifiche variazioni genetiche in un particolare cancro o malattia, o la valutazione di come le cellule rispondono al danno al DNA dopo una lesione o un trattamento. In genere, ciò si ottiene utilizzando il sequenziamento mirato del pannello genetico per analizzare i geni collegati al cancro o ad alcune malattie.
• Studi di espressione genica. Profili trascrizionali di cellule, tessuti, organoidi o campioni di pazienti, sia come cellule singole che in quantità maggiori.
• Una gamma di test per l'analisi dello stato della cromatina, dagli studi sulla metilazione del DNA ai test ATAC a ChIP-seq, sono disponibili.
• Studio degli RNA non codificanti come ncRNA, lincRNA, miRNA e tRNA.

Si prega di contattare Kel Cook ( kelcook@salud.unm.edu ) o Kathryn Brayer ( kbrayer@salud.unm.edu ) per fissare un appuntamento.

Il sequenziatore G4 di Singular Genomics

• Sequencer accoppiato flessibile e veloce
• In grado di produrre fino a 1.6 miliardi di letture 2 x 150 bp in 24 ore
• Può essere configurato per una varietà di lunghezze di lettura
• Compatibile con quasi tutte le librerie che possono essere sequenziate sugli strumenti Illumina.

Per ulteriori informazioni: https://www.singulargenomics.com/

Il 10x Genomics Chromium iX

• Partiziona cellule o nuclei per il sequenziamento di singole cellule
• Cattura RNA, proteine ​​e/o cromatina
• Saggio dell'espressione genica, repertorio delle cellule immunitarie, accessibilità della cromatina, perturbazioni CRISPR
• Gli input variano a seconda del test, ma includono sospensioni di cellule vive, nuclei, cellule fissate, tessuto congelato e blocchi FFPE. Sono disponibili test indipendenti dalla specie

Per maggiori informazioni: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

L'analizzatore di Xenium 10x Genomics

• Piattaforma di imaging di trascrittomica spaziale
• Risoluzione subcellulare
• Capace di catturare fino a 5,000 geni
• Pannelli genetici multipli pre-progettati che possono essere ulteriormente personalizzati (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

Per ulteriori informazioni: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

Il 10x Genomics CytAssist

• Facilita i test di trascrittomica spaziale Visium e Visium HD
• Inizia da blocchi FFPE o sezioni FFPE pretagliate e appena congelate
• Compatibile con sezioni colorate con H&E o con immunofluorescenza

Per ulteriori informazioni: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• Bioanalizzatore Agilent: Analizzare la qualità/quantità del DNA e dell'RNA utilizzando input minimi. (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• Fluorimetro Qubit II: Quantificazione del DNA e dell'RNA.
• ThermoFisher/Invitrogen Countess II: Contare le cellule e quantificare la proporzione di cellule vive in un campione.

• Miltenyi Biotec gentle MACS Octo Dissociator con riscaldatori: Dissociare i campioni di tessuto prima del sequenziamento di singole cellule.
• Qiagen EZ2: Estrazione automatizzata di DNA e RNA.
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR. Sistema PCR in tempo reale con blocchi da 96 e 384 pozzetti per consentire flessibilità e semplicità nelle analisi dell'espressione genica.

Strumenti selezionati sono disponibili per l'uso da parte di membri qualificati e formati della comunità UNM. Gli strumenti condivisi sono disponibili durante il normale orario di lavoro e in altri orari previo accordo speciale. Si prega di contattare lo staff della struttura ATG per ulteriori informazioni sui test e sui prezzi.